Для проверки используется WHOIS скрипт
Скачать ZIP Архив с исходными текстами скрипта
Зоны передаем через HTML форму. Для добавления зоны просто добавляем checkbox с таким же именем но с другим значением.
И еще тонкость -- проверка домена в большом количестве зон может занять некоторое время и скрипт может отвалиться по timeout. Это надо как-то решать.